不同的氨基酸残基，由于结构的不同，在每个阶段的反应效率不同。总效率（“重复产量”）一般低于100%（通常为95%左右），因此在若干周期内，序列产量降低，滞后的程度也逐渐增强。同时，背景燥音也随之增强。当序列信号达到背景水平时，就无法判断该蛋白序列了。因为这个过程循环的次数主要取决于多肽本身的大小和氨基酸的含量，可少可多（50个或更多），而它将决定随机酸水解和其他副反应的反应程度。

蛋白质测序流程（图片来源：百泰派克）

随着技术的进步，现在对样品进行序列分析速度已经大大加快，Edman测序法一个循环的反应时间减少到了20分钟。且测序仪的反应盒一般不止一个，当测序仪24小时运转，在短时间内就可以获得大量信息。从样品量来说，分析一个约20个残基的序列，只需要1皮摩尔或更少的样品量。

自动测序仪可以对共价结合到固体载体上的样品进行检测，如在固体载体上的合成肽，以及非共价结合到玻璃纤维或PVDF上的样品。后者可用于捕获从聚丙烯酰胺凝胶中转移的蛋白质，这是一种快速分离复杂混合物的方法，常常用于样品准备过程。举一个简单的例子，当样品里只有一个目标肽，而样品中存在不同处理方法获得的同一种蛋白质，或不同蛋白质时。该混合样品中的组分如果含量不同，当已知其中一个组分的序列信息，就能够将目标肽从混合物中分离出来。亦或者经过不同处理的蛋白质，产生了移码或延迟重复等现象时也能被发现。通过对快速更新的数据库序列进行筛选，也可以用于识别混合的序列。

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