本站于2023年9月4日。收到“大连君*****咨询有限公司”通知
说我们IIS7站长博客，有一篇博文用了他们的图片。
要求我们给他们一张图片6000元。要不然法院告我们
为避免不必要的麻烦，IIS7站长博客，全站内容图片下架、并积极应诉
博文内容全部不再显示，请需要相关资讯的站长朋友到必应搜索。谢谢！
另祝：版权碰瓷诈骗团伙，早日弃暗投明。
相关新闻：借版权之名、行诈骗之实，周某因犯诈骗罪被判处有期徒刑十一年六个月
叹！百花齐放的时代,渐行渐远!
rm(list=ls())options(stringsAsFactors = F)library(Seurat)metadata1 "G:/celllungcancer/S01_metacells.csv", row.names=1, header=T)
metadata2 "G:/celllungcancer/S01_metacells.csv", header = T,data.table = F)
metadata3 <- fread(file ="G:/celllungcancer/S01_metacells.csv", header = T, sep = '\t',data.table = F)
metadata4 <- fread(file = "G:/nature communication/GSE131907_Lung_Cancer_cell_annotation.txt", header = T, sep = '\t',data.table = F)
metadata5 <-read.table(file ="G:/celllungcancer/S01_metacells.csv", header = T, sep = '\t')
metadata6 "G:/celllungcancer/S01_metacells.csv", header = T, sep = '\t')
综上，txt和csv文件有本质区别：
txt读取时需要加sep = '\t'；
但是csv文件不可以加sep = '\t'；
在读取大文件时候 一定要用fread函数，加载library(data.table)。
关于fread函数参数如下：
做基因组数据分析时，常常需要读入处理大文件，这个时候我们就可以舍弃read.table，read.csv等，使用读入速度快的fread函数
fread(input, sep="auto", sep2="auto", nrows=-1L, header="auto", na.strings="NA", file,
stringsAsFactors=FALSE, verbose=getOption("datatable.verbose"), autostart=1L,
skip=0L, select=NULL, drop=NULL, colClasses=NULL,
integer64=getOption("datatable.integer64"),# default: "integer64"
dec=if (sep!=".") "." else ",", col.names,
check.names=FALSE, encoding="unknown", quote="\"",
strip.white=TRUE, fill=FALSE, blank.lines.skip=FALSE, key=NULL,
showProgress=getOption("datatable.showProgress"), # default: TRUE
data.table=getOption("datatable.fread.datatable") # default: TRUE )
input 输入的文件，或者字符串(至少有一个"\n")；
sep 列之间的分隔符；
sep2 分隔符内再分隔的分隔符，功能还没有应用；
nrow 读取的行数，默认-l全部，nrow=0仅仅返回列名；
header 第一行是否是列名；
na.strings 对NA的解释；
file 文件路径，再确保没有执行shell命令时很有用，也可以在input参数输入；
stringsASFactors 是否转化字符串为因子；
verbose 是否交互和报告运行时间；
autostart 机器可读这个区域任何行号，默认1L,如果这行是空，就读下一行；
skip 跳过读取的行数，为1则从第二行开始读，设置了这个选项，就会自动忽略autostart选项，也可以是一个字符,skip="string",那么会从包含该字符的行开始读；
select 需要保留的列名或者列号，不要其它的；
drop 需要取掉的列名或者列号，要其它的；
colClasses 类字符矢量，用于罕见的覆盖而不是常规使用，只会使一列变为更高的类型，不能降低类型；
integer64 读如64位的整型数；
dec 小数分隔符，默认"."不然就是","col.names 给列名，默认试用header或者探测到的，不然就是V+列号；
encoding 默认"unknown"，其它可能"UTF-8"或者"Latin-1"，不是用来重新编码的，而是允许处理的字符串在本机编码；
quote 默认"""，如果以双引开头，fread强有力的处理里面的引号，如果失败了就会用其它尝试，如果设置quote="",默认引号不可用strip.white 默认TRUE，删除结尾空白符，如果FALSE,只取掉header的结尾空白符；
fill 默认FALSE，如果TRUE，不等长的区域可以自动填上，利于文件顺利读入；
blank.lines.skip 默认FALSE,如果TRUE，跳过空白行key 设置key，用一个或多个列名，会传递给setkeyshowProgress TRUE会显示脚本进程，R层次的C代码data.table TRUE返回data.table，FALSE返回data.frame。
原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_35098081/article/details/112102283
